Optimiser les conduites d’élevage grâce à l’épigénétique

« Si déjà la génétique était fantastique, alors que penser de l’épigénétique ! », affirme Cyril Cabrol, directeur d’Eliance, le 26 février 2025. « Comment l’alimentation, le bien-être ou encore l’environnement peuvent impacter durablement la santé et les performances des animaux ? » C'est tout l’enjeu de l’épigénétique qui consiste à comprendre ces facteurs d’influence afin d’améliorer les conduites d’élevage, explique Clotilde Patry, directrice de l'innovation chez Eliance.

À l'occasion du Salon de l’agriculture 2025, Eliance, la fédération des entreprises de conseil et service en élevage de ruminants, a tenu une conférence autour des enjeux de cette science récente, qui étudie comment l’environnement influence l’expression des gènes. Une forme « de révolution à venir », ouvrant de nouvelles perspectives pour l’élevage.

Favoriser l’expression de gènes sans modifier l’ADN

« L’épigénétique, c’est la modification de la lecture et de l’expression des gènes. Elle étudie pourquoi, pour un même gène, plusieurs phénotypes existent », détaille Christelle Le Danvic, cheffe de projet à Eliance.

« Chez les ruminants, l’épigénétique est fondamentale pour obtenir une meilleure compréhension de l’expression des gènes en fonction des facteurs d’influence qui peuvent modifier leur comportement. Cette nouvelle science est capitale pour optimiser les performances d’un animal, en favorisant l’expression de certains gènes, ou au contraire, en limitant leur expression, et cela sans modifier l’ADN.

« Nous allons pouvoir améliorer les prédictions génétiques, travailler sur l’élevage de précision et proposer des conduites d’élevage qui favorisent la mise en place de certains marqueurs épigénétiques », poursuit Christelle Le Danvic. L’enjeu demain consiste à améliorer l’adaptation au changement climatique et aux facteurs environnementaux, pour « augmenter de façon durable les performances en élevage ».

Des périodes critiques de sensibilité

L’épigénétique peut être décrite comme « une interface dynamique entre le génome et l’environnement », ajoute la scientifique, elle donne de la « plasticité ». Les facteurs d’influence sont très souvent environnementaux, tels que : l’alimentation, par les nutriments apportés, la température, la pollution, le stress ou encore l’exposition à des substances chimiques. « Tous les stress n’ont pas forcément un impact négatif, certains stress peuvent avoir un impact positif, comme l’enrichissement du milieu de vie de l’animal », tient à préciser Christelle Le Danvic.

Si l’épigénétique est réversible au cours de la vie, « offrant une incroyable souplesse biologique », il existe toutefois des « périodes critiques de sensibilité épigénétique ». C’est le cas notamment durant la gestation, ainsi que durant les premières semaines de vie de l’animal. « Les conséquences peuvent être à long terme sur l’animal et sur sa descendance », souligne la chercheuse.

Une première puce pour identifier les gènes activés

L’ambition reste de pouvoir développer des outils pour lire les marques épigénétiques. « La méthylation de l’ADN est un marqueur, qui rend possible ou non la lecture de certains gènes, et donc l’expression ou non du gène. »

En partenariat avec l’Inrae, Eliance a développé la première puce de lecture de phénotypage chez les bovins. Elle fonctionne par analyse de la méthylation de l’ADN, afin de mettre en évidence les gènes activés. Le laboratoire commun Epsilon, issu de ce partenariat en recherche, s’articule autour de deux volets principaux pour comprendre les impacts de l’environnement, d’une part, « sur la fertilité et la reproduction des animaux » et, d’autre part, « sur leur santé, avec des conduites d’élevage contrastées ».

« Ce n’est que le début, révèle Eliance. Il est encore nécessaire d’élargir les populations de référence, de réaliser d’autres épiphénotypages et métha-analyses pour disposer de davantage de données. »